Sobretudo em alguns fora mediáticos, mas com pouca repercussão na doutrina, vem-se discutindo até que ponto deveria ou não ser eliminada a fase eventual que se segue à primeira fase de investigação (cujo dominus é o juiz de instrução criminal – JIC), chamada inquérito (da competência do Ministério Público – MP), e que visa aferir da correcção de facto e de Direito da decisão de encerramento do inquérito: arquivamento, acusação, suspensão provisória do processo, arquivamento em caso de dispensa de pena e desistência de queixa por via de um acordo de mediação.